Можно использовать оба варианта. Второй вариант звучит привычнее для обывателя.
Однако, эти фразы не равнозначны. Использование той или другой формулировки зависит от контекста и выбранного логического ударения.
«Зачем ты сделал фото меня» звучит как фраза из гугл переводчика, не думаю, что так часто говорят, но в разговорной речи возможно все. Более литературный вариант «Зачем ты меня сфотографировал»