Однозначные мастси: Воскресенская гора (место основания города, как раз таки возвышение с панорамным видом), Сибирский ботанический сад, набережная Томи. Историческая (она же центральная) часть города вообще целиком рекомендуется- тут вам и модерн, и деревянное зодчество, и несколько университетов подряд:)
UPD. Ежели ваш визит выпадет на выходные, то маячьте, и по мере сил и возможностей побуду экскурсоводом на общественных началах:)