Большая разница. Это совершенно разные народы и говорят на разных языках, но очень схожи с культурой и религией.
Как таджик могу рассказать больше про таджиков.
Язык
Таджики, единственный народ ЦА которые говорят на персидском.Мы очень гордимся что у нас такой прекрасный и древний язык, хоть мы и потеряли свою письменность во времена Советского Союза и не только мы но и все страны ЦА. До русских, мы и другие народы Центральной Азии использовали арабскую письменность а потом Сталин решил что все мы будем использовать кирилицу.
Кыргызы и другие страны ЦА, разговаривают на трюкском языке который очень похож на турецкий.
Внешность
Внешность кыргызов больше похожа на Восточных Азиатов или Южных Азиатов. Таджики больше похожи на арабов, иранцев(кем они и являлись раньше), индусов(малая часть), европейцев(блондины, зеленые глаза, слишком белая кожа)(малая часть) и также на азиатов( малая часть, в основном те которые смешались с монголами, которые завоевали Центральную Азию). Да и в целом в ЦА народы очень смешены но я заметил, что Казахи и Кыргызы больше похожи азиатов по сравнению с другими странами ЦА.
Религия
Религия таджиков и кыргызов одинаковие. Оба суниты мусульмане.
Но по моему мнению, таджики более религиозные по сравнению с другими народами ЦА или можно сказать менее обрусевшие.
Таджики были частью Персидской империи, Бактрия и Согдиана. Являлись ли они персами, это уже другой вопрос. А также, у таджиков была своя империя после того как Арабы захватили Персидскую Империю и заставили их быть мусульманами. У таджиков была своя империя в ЦА. Саманиды которые образовали свою империю в конце 8-ого века (875-999).
Занимало Хорасан( сегодняшний Узбекистан(Самарканд и Бухара), Афганистан(Балх,Герат,Газни), Иран(Нишапур, Тус) , Туркменистан(Мерв)) и Мавераннахр(Transoxania, сегодня восточная часть Узбекистана, юго-восточная часть Кыргызстана и южная часть Таджикистана). Кстати, на Саманидов держится сегодняшняя идеология.
Здесь можно прочитать больше про Саманидов.
(https://ru.m.wikipedia.org/wiki/Саманиды)
P.S.
Откуда произошли другие народы ЦА,включая кыргызов, мне неизвестно, хотелось бы узнать, если у кого-то есть информация, дайте ссылку или посоветуйте книги.