Верить в Бога можно по разному.
И противостоять - это ведь не значит требовать неверия.
Противостояние возникает из конфликта, поэтому противостоять будут всегда, пока живут на одной территории, если не договорятся о правилах общежития.
Чтобы убрать противостояние нужно договориться о правилах, которых будут придерживаться обе стороны и в которых не будет исключений ни для "сильно верующих" ни для "сильно умных".
На данном этапе истории светское законодательство более менее справляется с этой задачей - верующие не жгут атеистов на кострах, а атеисты не взрывают храмы.