Если говорить именно об успехе, то ответ содержится в вашем вопросе. 2D ушло в инди. Потому что не мэйнстрим. Golden Axe, Sonic и прочие хиты того времени были супер популярны потому, что это были игры класса ААА того времени. Все игры на актуальных консолях того времени были такими. А посмотрите на нынешние блокбастеры, как может даже качественный 2D проект стать таким же популярным, как например, какой нибудь Uncharted?
Сама индустрия изменилась и диктует совершенно другие правила. Заметьте, мало кто из крупных издателей выпускает подобные проекты. Нинтендо и Юбики навскидку только вспоминаются.
А 2D проекты живы и имеют относительную популярность в своих кругах благодаря нам, геймерам 90-х.