Яндекс за это денег не берет. Другое дело, что для того, чтобы сайт был привлекательным для пользователей и алгоритмов ранжирования, нужно работать над содержанием, дизайном, продвижением и т.п. Эта деятельность, конечно, требует определенных вложений сил, времени, ну и денег тоже.