Лингвистика изучает язык как систему. Очень доступно и точно описывает (и применяет) системный подход к фонетическому уровню языка Михаил Викторович Панов. Например, в книге: http://danefae.org/lib/panov/trudy/selecta-i.pdf - начало на стр. 255.
Если покажется сложным, попробуйте начать с его же "Занимательной орфографии" (например, здесь: http://www.school2-lgov.ru/images/DOCS/Panov_M_V_-_Zanimatelnaya_orfografia_-_tvoy.pdf )