Во-первых, столица ФРГ и была перенесена в Бонн. Дело было не в этом. Просто вся Германия была поделена на зоны оккупации между СССР и США +Великобритания и Ко. Берлин был захвачен СССР, но по договорённости с союзниками он был поделен тоже, поскольку он был столицей Германии на момент захвата. Поначалу не было никаких стен и даже КПП: жители свободно перемещались из одной части в другую, а деление было чисто условным. Но всё-таки несмотря на союзничество во время Второй Мировой войны, СССР и США + Великобритания были идеологическими противниками и постепенно противоречия между ними переросли в Холодную войну. Территории Германии, находившиеся под контролем сторон никто отдавать противнику не пожелал. Жители Западного Берлина тоже были против передачи их части города под контроль СССР. Поэтому возник такой анклав, была проведена граница, установлены КПП, а затем и стена, чтобы препятствовать переходу немцев из ГДР в ФРГ. Так что просто так сложилось исторически. Кстати, Западный Берлин имел автомобильное сообщение с ФРГ в виде 3х автобанов. Ну и, конечно, воздушный мост.