Ну начнем с того, что были. Например, была страшная религиозная война между Израилем и Иудеей в X-VIII вв. до н.э., кончившаяся только с приходом ассирийцев и вавилонян. Затем эту войну сдерживало греческое владычество, но распри между разными иудейскими течениями.
В самих же Греции и Риме религиозных войн не было по той простой причине, что тамошние религии не предполагали и не предуказывали распространение. Так что просто не было необходимости в религиозных конфликтах.