Ректор - это выборная должность, его избирают, а вот директора назначает вышестоящая структура. В этом и разница. Исторически в мире сложилось, что руководителя университета выбирают, поэтому название "ректор"закрепилось за должностью главы университетов даже несмотря на то, что иногда их назначают (как это происходит сейчас в МГУ и СПбГУ).