Прекрасный и очень часто встречающийся вопрос. Ответ довольно простой: потому что существующая с 29 июня 2013 года в Уголовном кодексе РФ статья 148, а особенно её первая часть («Публичные действия, выражающие явное неуважение к обществу и совершённые в целях оскорбления религиозных чувств верующих»), направлена на защиту прав особой группы, и жизни этой группы, а также создаваемых её членами объединений, по большому счету, преимущественно посвящен целый Федеральный закон №125-ФЗ «О свободе совести и о религиозных объединениях».
Неверующие или же атеисты (автор вопроса вполне корректно их разделяет) такой группы не составляют, об этой группе нет никакого федерального или иного закона, эта группа не лоббирует свои интересы, не существует каких-либо серьезных и массовых общественных организаций, представляющих права этой группы.
В идеальном мире права всех групп населения должны быть уравнены. В реальном мире новые статьи законов появляются, когда их кто-то предлагает, а затем они проходят обсуждение, чтения и включаются в итоге в систему законодательства. Когда у нас в стране верующими чувствуют себя больше половины населения (не будем спорить сейчас о конкретных процентах), ничего удивительного в появлении подобных статей нет.
Конечно, когда декларируемое большинство (=верующие) используют для своей защиты методы защиты меньшинства (нас обижают, спасите, помогите, давайте введём юридическую норму), выглядит это немного диковато. Но законодательство принимают конкретные люди, а не идеальные сущности, так что положа руку на сердце, удивляться тут нечему.
Другое дело, что количество лиц, осуждённых по этой статье, статистически ничтожно и не соответствует степени внимания, прикованной к злополучной статье и её формулировкам. По статистике Судебного департамента за 2017, к примеру, год, по первой части ст. 148 осуждено 4 человека (http://www.cdep.ru/userimages/sudebnaya_statistika/2018/k3-svod-2017.xls).