Во-первых, как уже указали в комментариях, эти слова могут отражать историю развития языка, если они не успели перестроиться под новые правила. Во-вторых, очень частотные слова часто имеют особые формы. Их употребляют настолько часто, что изменения в них идут быстрее, да и частотные слова легче запоминать, им не нужно быть устроенными так же, как все остальные из их класса. Примеро этим можно объяснить, что во многих европейских языках глаголы "быть" и "иметь" изменяются не так, как глаголы. Кроме того, в категорию слов-исключений часто попадают совсем новые заимстования или устаревшие слова, которые еще (или уже) не очень понятно, как употреблять. Некоторые заимствования так и остаются в языке, до конца не соответствуя его правилам, а полчиняясь правилам исходного языка.
Ну и в заключение не могу не сказать, что слова в принципе не подчинаются правила грамматики, а грамматика пишется на основе имеемых слов и особенностей их изменения. То есть грамматика, по-впервых, может (по очень разным причинам) не учитывать каких-то вещей, а во-вторых, довольно часто не соответствует совеременному состоянию языка.