Ученые не работают с неправильной моделью реальности. У разных моделей могут возникнуть границы применимости, внутри этих границ все правильно и воспроизводимо. Например, ньютоновская физика прекрасно работает с обычными для нашей жизни объектами, но ее нельзя применить, например для описания элементарных частиц или околосветовых скоростей. Для газов, например, в каких-то рамках можно применять уравнение Менделеева-Клапейрона, но для более сложных случаев оно неприменимо.
В общем, задача науки и состоит в том, чтобы сопоставлять теорию с практикой, смотреть, где можно применить более простые расчеты, а где более сложные.