Почему, когда просыпаешься от будильника, спать хочется больше, чем когда ты просыпаешься сам, проспав то же время?

Потому что есть такая вещь как биологические часы, то есть человек, просыпаясь сам, просыпается когда ему нужно, проходя все фазы сна. А когда вы просыпаетесь по будильнику, вы прерываете одну из фаз, от того ваш организм и требует "посмотреть" ее до конца