Фонетика - это про звуки сами, а не про "звучание слов". Слова - это лексика. Фонетика - это различия в звуках языков, если можно так выразиться. Грубо говоря, в английском есть межзубный th, в русском - нет. Вот это в "ведомстве" фонетики. А то, что "paper" и "papier" похожи, но отличаются - это не фонетика. Это лексика. "Эволюция фонетики" - это то, что раньше, лет эдак 900 назад английский очень похож на немецкий был. Но там это и грамматики касалось тоже. Многие слова выглядели иначе. Потом инглиш ушел в отрыв и стал ни на что не похож. Это объясняет отчасти его коварность и загадочность, почему в "know" не читается первая буква и т.п.
А то, что вы хотите узнать, объясняется очень просто. Почитайте про праязыки. В общих чертах: был один праязык, потом распался на много маленьких. Народы порасселялись, что-то осталось похожего, что-то - нет. Здесь лингвистика еще граничит с регионоведением, этнокультурологией - чем-то таким. Очень часто именно место играет важную роль. Южнорусский диалект - это ведь вариант-таки русского языка, но он сильно будет похож на украинский и на белорусский. Потому что территориально близко к ним. Почему именно вот на юге вот так говорят, а на севере - эдак, вопрос интересный, но мне кажется, на него научного ответа может и не быть. Нельзя как-то четко объяснить корреляцию, почему чисто технически так сложилось, почему тут окают, а там - акают. Есть в языкознании такое, не все объясняется. Так же, как нельзя, к примеру, объяснить этимологию некоторых простых слов. "Стол" - из разряда такого. Назвали так и назвали. Никто не знает, почему.