Денис Иванов в общем-то дает ответ на поставленный вопрос, но на мой скромный взгляд в нем не хватает одного существенного момента: федеральный центр себе это может позволить.
Точка равновесия в противостоянии центр-регионы в последние 25 лет двигалась от децентрализации к вертикали власти и обратно в четкой зависимости от того, кто кому больше платил. Ельцин руководил разрываемым внутренними противоречиями федеральным правительством, которое к тому же еще и вынуждено было справляться с хроническим бюджетным дефицитом. Регионы в своем развитии и (что было намного важнее) выполнении социальных обязательств полагались в первую очередь на себя и местный бизнес. Это и заставляло Ельцина включать губернаторов в Совет Федерации, заключать с отдельными регионами федеративный договор и не мешать их самостоятельной экономической деятельности.
Путин пришел к власти на фоне растущих нефтяных доходов и продолжающейся монополизации экономики. И как только федеральный центр почувствовал, что он располагает бОльшим экономическим и политическим потенциалом, он начал действовать. Отменили прямые выборы губернаторов, лишили их членства в СФ. Высокий уровень личного доверия президенту на фоне хронически низкого доверия всем остальным институтам власти (в том числе губернаторам) сделал попытку открытого политического противостояния центру почти невозможной. Все основные ресурсы монополизированы (региональные СМИ не могут составить конкуренцию федеральным, никакой местный бизнес не составит конкуренцию федеральным сетям (будь то продукты, связь или поставки газа)). Губернатор просто не может обещать своим избирателям ничего, за что не заплатит федеральная власть или федеральный бизнес. Это и приводит к постоянному снижению числа регионов-доноров и росту числа регионов-реципиентов федеральных дотаций.
Относительно же авторитарных региональных режимов и "демократизации сверху", это все мне очень напоминает марксистский план построения безгосударственного общества: сначала мы соберем всю власть и собственность в руках государства, наделим его всеми возможными благами и полномочиями, а потом оно вжух! и самоликвидируется. Только вот нет, не ликвидируется. И федеральный центр никогда добровольно от власти не откажется. А пока мы ежегодно теряем многие миллиарды на неэффективной системе принятия решений.
Для меня лично ярчайшим примером этой неэффективности является история со старичком из Сочи, который писал обращение депутату ГосДумы по поводу уродливого заборчика, которым обнесли газон рядом с его (старичка) домом. В итоге о заборчике был отправлен запрос в генпрокуратуру, та писала в региональную прокуратуру, оттуда - в городскую, оттуда - в горадминистрацию и, наконец, оттуда - в местный ЖЭК, который исправил заборчик.