Немножко неоднозначный вопрос. Если я правильно понял речь о том, что если Бог вездесущ, то в каждом человеке есть присутствие Бога. Но тогда вопрос, как присутствие Бога в человеке соотносится с принципом свободной воли.
Если вопрос в этом, то соотношение простое. Если Бог в человеке есть, то это не означает, что Бог на поведение человека напрямую влияет.
Ну вот например, некая толстушка знает, что есть после 18:00 вредно, но в десятом часу вечера лезет в холодильник. Внутренний голос (Бог?) ей напоминает - так делать неправильно. Она может взять себя в руки и прислушаться, а может достать кусок торта и съесть. Это ее решение. То есть Бог в ней есть, но он максимум может подсказать, как правильно. Но никак не принудить человека поступать единственно верным способом.