Разумеется. Наличие болезни, пускай и генетической, в большинстве своём не меняет классификации вида носителя.
Но для начала: что есть трисомия по хромосоме 21? Если говорить без изысков, то это наличие дополнительной, третьей, хромосомы в 21-ой паре хромосом. Причиной может быть ошибка на различных стадиях мейоза (процесс создания гамет, коими являются сперматозоиды и яйцеклетки). В результате ребенок рождается с определёнными, характерными проблемами, связанными с интеллектуальным развитием, состоянием здоровья и тд. Вариаций великое множество; к тому же существуют случаи, когда ошибка в 21-ой паре хромосом возникает уже после оплодотворения, в отдельных клетках нового организма; при таком развитии событий спектр симптомов может сильно отличаться, в зависимости от процента "больных" клеток (важно, что у таких индивидов есть и здоровые клетки, содержащие 46 хромосом). Последнее явление является "мозаичной" формой синдрома Дауна.
Вернёмся теперь к классификации. Насколько я понимаю, автор вопроса хочет узнать, почему при различном кариотипе, а соотвественно при несовпадении генетического критерия, определяющего принадлежность к тому или иному виду, мы все равно относим больных трисомией 21 к виду человека разумного (искренне надеюсь, что хотя бы их причисление к роду Homo у Вас вопросов не вызывает). Тут нужно заметить, что с точки зрения биохимического критерия, географического ареала, ниши и морфофизиологии различия минимальны. Страдающие от вышеупомянутого заболевания даже могут иметь потомство со здоровыми людьми, причём получается никакой не гибрид, а нормальный представитель Homo sapiens [1].
И всё же генетические различия присутствуют... Но видите ли, генетический параметр не универсален, как, впрочем, и любой другой. Всегда существуют исключения, ибо так устроена природа. К примеру: внутри одного вида растения Salix caprea L. (Ива козья) "сосуществуют" особи с числом хромосом равным 38, 57 и 76. Таким образом просто нет объективных причин проводить черту между людьми, родившимися с этим недугом и живущими без него. В заключении, нужно добавить, что вид - это ещё и "исторически сложившаяся совокупность популяций живых организмов". Если начать вдруг открещиваться от людей, имеющих генетические ошибки/несовершенства, то Бог знает, к чему это может привести. Более того, человек, проповедующий такой радикальный взгляд на жизнь, рискует сам "попасть под обстрел", ведь у многих существуют мутации, о которых никто не подозревает (silent muatations), но которые могут стать причиной дискриминации в обществе, классифицирующем людей на основе их генетического (не)сходства с ними.
[1] Pradhan, M., Dalal, A., Khan, F., & Agrawal, S. (2006). Fertility in men with Down syndrome: a case report. Fertility and sterility, 86(6), 1765-e1.