Бодуэн (Балдуин) Фландрский письмом информировал Папу о взятии Константинополя и о своем избрании императором. Его письмо, разумеется, не содержит никаких сведений об упомянутых нами эксцессах взятия города. В этой ситуации Папа, конечно же, может только радоваться тому, что в стране водворен порядок и католическое правление – хотя его распоряжения и были нарушены, Провидение направило все ко благу. В ответном письме Папа «призывает все духовенство, всех государей и народы защищать дело Балдуина и выражает надежду, что со взятием Константинопольской империи станет легче отвоевание Святой Земли из рук неверных; в конце письма папа убеждает Балдуина быть верным и покорным сыном католической церкви».В другом письме Бодуэну Папа мягко упрекает его за непослушание, говоря, что ему было бы, конечно, радостнее видеть возращение Иерусалима христианам, чем возращение Константинополя в послушание Римской Церкви.
Ситуация однако значительно меняется через несколько месяцев: «Но настроение папы изменилось, когда он подробнее ознакомился с ужасами разгрома Константинополя и с содержанием договора о дележе империи. Договор носил чисто светский характер с ясной тенденцией ограничить вмешательство церкви. Балдуин не просил у папы об утверждении своего вышеприведенного императорского титула; Балдуин и Дандоло самостоятельно решили вопрос о Св. Софии, о выборе патриарха, о духовных имуществах и т. д. Во время же разграбления Константинополя подверглись поруганию и осквернению церкви, монастыри и целый ряд высокопочитаемых святынь. Все это вызвало в душе папы тревогу и недовольство крестоносцами».