По-моему, есть два взаимно важных фич-фактора:
iPhone 6 - больший (и самый оптимальный) экран, 4.7 дюйма против 4 у SE
iPhone SE - процессор, старший на одно поколение. Не спешите кидаться помидорами, я не о синтетических рекордах. Почему-то все забывают, что поддерживаемая версия iOS привязывается не совсем к устройству, а к процессору. Соответственно, SE будет поддерживать новые версии iOS на год дольше 6. А это весьма важно.
А еще у SE лучше камера и лучше автономность. И (официально) есть золотой и (по факту) розовый.