Если Вы имеете в виду территориальные споры, то Россия имела их с Китаем (вопрос об амурских островах решён: более 300 км2 было продано Китаю). На данный момент спорных территорий две: Курильские острова и Крым. Япония всё-таки оставила свои притязания на юг Сахалина.
А если Вы конкретно сказали про территориальные проблемы, то огромная территория страны является и определённым недостатком. Дело в том, что огромное количество ресурсов находится в неблагоприятных условиях для жизнедеятельности человека, то есть о создании множества больших населённых пунктов для их ускоренной добычи речи быть не может. Плюс неблопгоприятные условия мешают развитию инфраструктуры в Сибири и на Дальнем Востоке, что в свою очередь сказывается на транспортировке чего-либь, что отражается на уровне жизни, например, в Чукотском АО. Там хоть и средняя з/п составляет 70-75 тыс. ₽/мес, потребительская корзина там ниже ввиду крайне высоких цен.