Стволовые клетки могут превратиться в раковые, ведь они также могут делиться и недифференциированы. Однажды такая стволовая клетка может начать некотролируемо делиться, перестроит метаболиз на анаэробный тип питания, и все - раковая клетка готова. Хотя раковые клетки постоянно возникают в любом организме, иммунная система борется с ними. Однако, как иммунная система будет реагировать на дополнительно возникающие раковые клетки сверхнормы - это вопрос. Может и не справится.
Любые чужеродные клетки - имуногенны, они будут отторгаться, поэтому их не очень удобно использовать. В принципе сейчас можно из своих клеток сделать индуцированные плюрипотентные клетки, чтобы избежать этой проблемы.
Ну, если рассуждать о применнии стволовых клеток в целом, то главная проблема -- это именно неизученность. Там, где они хорошо изучены, они и работают хорошо