Не совсем понятно, что значит в вашем понимании «происхождение запаха»? Если вы имеете в виду, почему объекты пахнут, то из-за наличия летучих химических соединений, имеющих запах. Изучает в основном химия душистых веществ.
Разница или идентичность в ароматах обусловлена качественным и количественным составом этих самых пахнущих веществ и их соотношением.