Как мне кажется, Яндекс выстраивает свой бренд таким образом, чтобы в долгосрочной перспективе привлекать хороших специалистов, в которых они вложились еще в школе с помощью Яндекс Лицея.
Он не зарабатывает. Это чистое меценатсво, для развития общества, для получения хороших сотрудников в будущем. (но могу предположить что за такое дело государство может как то поощрять компанию и выделять средства, но это не точно)