IPv6 — это новая версия протокола IP.Сейчас, когда IP и IPv6 протоколы работают вместе, это приводит к существованию фактически двух параллельных сетей. Например, роутер моего Интернет-провайдера поддерживает IPv6 и IP. Если я обращаюсь к сайту, у которого есть IPv6 адрес (большинство сайтов), то мой запрос и ответ идёт по сетям (узлам) с поддержкой IPv6. Если я обращусь к сайту, у которого только IP адрес, то мой запрос и ответ на него может пойти по другому маршруту.
Ещё раз: IP и IPv6 это две параллельные сети, которые не особо связаны друг с другом (хотя одно и то же оборудование может поддерживать работу с обоими протоколами). В результате при настройке сети, например, файервола, нужно отдельно сделать настройки для протокола IP, а затем делать такую же настройку IPv6.