В основном с помощью встроенных покупок внутри приложения - в играх это валюта, в программах - покупка дополнительных возможностей (например, покупка дополнительных фильтров в приложениях для обработки фото). Также иногда приложения сначала бесплатны, дабы раскрутиться и набрать достаточную аудиторию, и затем становятся платными. По крайней мере раньше так было с WhatsApp - первый год бесплатный, а затем около доллара в год, правда много разработчики на этом не заработали, но в целом все бесплатные мессенджеры весьма загадочны в вопросе их выручки.