Методов очень много как встроенных, так и сторонних в виде различных утилит, как бесплатных так и платных. Лично я использую часто утилиту DISKPART, кто-то Rufus. Я вам советую почитать статью методы форматирования флешки, после нее у вас не возникнет вопросов
Для форматирования флешки, есть куча методов, как встроенные в систему, так и внешние, все эти методы описаны в инструкции как форматировать флешку.