Если вас это так беспокоит, то не надо смотреть подобные фильмы. Так же как и не стоит смотреть фильмы ужасов впечатлительным людям и маленьким детям. Потому что от таких фильмов ужасов у них могут образоваться навязчивые страхи. А вы впечатлились фильмами аля матрица, от чего теперь вас тревожат эти идеи. Вы похоже сами себя этим ещё и будоражите вместо того чтобы отвлечься. В таких идеях это не вы должны искать опровержение, а наоборот тот, кто вам такую идею высказал должен был бы предоставить доказательства её реальности. Поскольку матрица это художественный фильм, то тут ни какие доказательства не требуются, так как автор и не претендовал на то что показанное в фильме является правдой. Потратьте лучше свои размышления на что-то более полезное. Если вы не можете ни как отвлечься и у вас по этому поводу идут постоянные навязчивые мысли, и вы не можете ни чего с этим поделать, то обратитесь к врачу. Я точно не знаю кто занимается такими состояниями, наверно психотерапевт.
Для примера ещё могу привести фильмы люди в чёрном. Посмотрев такой фильм кто-то может себе в голову вбить навязчивую мысль о том что кругом инопланетяне, а люди в чёрном всем стирают память, поэтому нет ни каких доказательств. Вы можете над таким человеком посмеяться, но по сути это не особо отличается от вашей идеи с матрицей. И если поискать, то можно найти кучу идей в книгах и фильмах, по которым кто-то может загнаться.
Ещё вспомнил, что есть русский фильм ночной дозор, где вместо пришельцев всякая нечистая сила и монстры. Не удавлюсь если кто-то и на основе этого фильма получил навязчивую идею.