Защита воздушного пространства осуществляется системами ПВО - противовоздушной обороны. Что касается второго вопроса, это невозможно по целому ряду причин. Самая банальная - вертолету просто не хватит топлива. Лететь из Сирии и Ирака в сторону Москвы придется через Черное или Каспийское море, а там от границ России до столицы порядка 1200-1300 км, что превышает максимальную дальность полета любого вертолета (рекордная - около 1000, в среднем 500-600), а ведь до границы России нужно сперва долететь от северной точки Аравийского полуострова еще около 1000 км.
Предположим, что у террориста появился вертолет, способный пролететь такое расстояние без приземления и дозаправки. Но даже задолго до подлета к границе России его засекут на радарах, предпримут попытки выйти на радиосвязь, и если вертолет не отзовется, то его будет встречать истребитель-перехватчик, который благополучно его собьет при отказе изменить маршрут.
Предположим, что истребитель не вылетел (что само по себе нонсенс и едва ли может произойти). Существует масса способов уничтожить такую уязвимую цель, как вертолет. При определенных условиях это можно сделать даже автоматом Калашникова, хотя вероятность такой авантюры весьма небольшая. Больше шансов "снять" "вертушку" из зенитного орудия, стреляющего много и точно по принципу заградительного огня - главное, чтобы цель была в зоне видимости.
Еще можно сбить вертолет из ПЗРК - переносного зенитно-ракетного комплекса, такого как "Игла" или "Стингер". Все современные ПЗРК оборудованы системой самонаведения. Думаю, что произойдет с вертолетом, объяснять не надо.
Ну, и если уж каким-то чудом все вышеописанные способы не помогут, то в дело вступает уже ранее упоминавшаяся система ПВО, способная сбивать цель, движущуюся со скоростью 5 км/с (!), мимо которой уж точно ни один вертолет не проскочит.
P.S. Предложенные варианты расположены не в порядке применения в случае угрозы.