Самый дешевый способ, пожалуй, Bla Bla Car, будет вам стоить около трех тысяч рублей из Москвы.
Есть автобусы, например, вот, хотя компаний должно быть много, гуглите. Это будет стоить 5-6 тысяч рублей.
Поезд, кажется, стоит дорого, около 12 тысяч в одну сторону, а самолет - 10-13 тысяч в обе стороны.
Вариант дешевый и достаточно быстрый, но его нужно подкараулить. Найти недорогой рейс Победы в Братиславу (бывают и за 3000, и за 1000). В Братиславе сесть на поезд или на автобус (около 15 евро) - и вы Праге через четыре часа.