Очень редкий случай, когда при подаче документов смотрят на школьные оценки. Я думаю, что в любом случае первично всегда обращают внимание на результаты ЕГЭ. И если у вас действительно такие высокие баллы, то никаких проблем с поступлением возникнуть не должно.
Тем более, факт низких оценок в школе всегда можно объяснить проблемами во взаимоотношениях с учителями и прочих причинах (честно говоря, никого не интересующих). Так что, я думаю, в вашем случае, все точно сложится наилучшим образом. Желаю удачи!