Это разные категории. Федеральные льготы также могут включать в себя льготы для пенсионеров, инвалидов и других категорий граждан, то есть льготы, действующие по всей стране, независимо от региона.
Региональные льготы определяет конкретный регион. Они не могут идти вразрез с федеральными льготами, но могут их дополнять и расширять.
Не знаю чем отличаются льготы, но могу точно сказать чего лишается региональный льготник (пенсионер) став федеральным (инвалидом): права на установку бесплатных зубных протезов.
Большинство льгот пенсионерам - региональные. Есть федеральные - например, освобождение от уплаты ряда налогов для физлиц. Но основные вроде субсидий по ЖКХ, проезда и так далее - устанавливаются на уровне конкретного региона.