Профессиональная переподготовка возможна только после получения среднего профессионального или высшего образования, а заочное — после школы. Поэтому сравнивать, что лучше или хуже нельзя.
К тому же всё зависит от нескольких критериев:
Как вы сами относитесь к обучению и настроены ли на получение результата, на получение новой профессии.
Какой вуз или образовательную организацию выберете.
Насколько сложной будет специальность, которую вы планируете получить.
Как вы сможете организовать свой быт, чтобы он не мешал, а помогал учиться.
Если у вас уже есть образование и вы выбираете, получать ли вам второе высшее образование или проходить профпереподготовку, то тут никакой разницы нет. Переподготовка даёт то же самое, что и заочное обучение.