все зависит от внутренних документов (и отношений в) организации
Если объяснительная связана с прогулом или опозданием - то вас вполне имеют право уволить. Или, по крайней мере, наказать финансово - например, лишив части премии.
При серой/черной зарплате с этим вообще никаких проблем не будет
При белой... насколько я знаю, белая з/п в большинстве случаев состоит из собственно з/п и так называемой премии, которая по факту платится каждый месяц, но, как вы сами понимаете, не является обязательной и может не выплачитваться в полном объеме