Если сравнивать само понятие веры, то ни в чем.
С практической же части, думаю, есть одно различие - локус контроля.
Локус контроля бывает двух видов - внешний и внутренний. По простому это ответственность и приписывание ее либо внешним факторам (внешний локус) либо взятие ответственности на себя за происходящее со мной (внутренний локус).
Так вот, мне кажется, мало есть атеистов, которые верят в инопланетян и которые винят их в своих же бедах в своей жизни. А вот теистов, которые не берут ответственности за свою жизнь, поступки и т.п. практически каждый первый и скидывают ответственность на сверх-разум.
Я ничего не знаю про "инопланетян" - и не сожалею об этом.
Вы ничего не знаете про Бога - и тоже ничуть не сожалеете об этом, потому что если бы сожалели, то давно бы узнали.
Итак, о чем речь?...
Есть теисты, не обладающие никаким знанием. Это сентиментальные фанатики. А есть те, чья вера основано на научном священном знании. Вера атеистов, что Бога нет ни на чем не основана. Они просто выдают желаемое за действительное.
Вера основанная на знании? Это КАК?! Вы запутались в понятиях "вера" и "знание"? Толковый словарь вам в руки!
Значит вы допускаете, что и Бог возможен и инопланетяне возможны?