Хотя бы объектом изучения: на Истфаке это история, на МО - международные отношения)
Также на МО всегда есть иностранный язык, а зачастую - и не один. К тому же, МО больше направлены на различные аспекты реальной жизни (международное право, политология, социология), тогда как Истфак - это больше про науку и теорию. А так совет: открыть расписания студентов МО МГИМО и Исторического факультета МГУ и сравнить)