Конечно, различия, в основном, исторические. Во времена Ньютона физика занималась тем, что видно, а химия - тем, что не видно. Но есть и кое-какие объективные признаки, разделяющие эти науки.
Химия более четко определена. Химия занимается изучением веществ, их свойств и превращений. Современная химия так же включает в себя и области, в которых она носит более прикладной характер, например, часть биологии и часть той же физики.
Физика занимается изучением природных явлений. Какие-то там отдельные свойства отдельных объектов ей, вообще говоря, не интересны. Ее интересуют общие законы