Добрый день. Вам необходима справка из военкомата о том, что вы состоите там на учете.
Cогласно п. 45 Административного регламента, непредставление такой справки не может послужить причиной для отказа в оформлении документов. В этом случае миграционный орган, руководствуясь п. 132.3 Административного регламента, должен самостоятельно направить межведомственный запрос в военкомат для получения соответствующих сведений.
Но учитывая тот факт, что вы забрали документы и не состоите на учете в военкоме, то у вас могут возникнуть трудности или вам вовсе откажут в предоставлении загранпаспорта.