Самыми разными способами может атом получить энергию. Самый известный - поглощение атомом фотона (атом получает энергию фотона, то есть электромагнитную энергию).
Атом (точнее пара атомов) может получить энергию при столкновении атомов (возбуждение столкновением). При этом кинетическая энергия атомов превращается в их внутреннюю энергию.
Атом (точнее атомное ядро) может поглотить нейтрино атом получает энергию покоя и кинетическую энергию нейтрино.
Ну и много всяких других вариантов.