По данным Wikipedia в Y-хромосоме современного человека нет неандертальской ДНК. Это может быть сязано с 3 мутациями в генах, отвечающих за иммунную систему в неандертальской Y-хромосоме, которые вызывали отторжение плода мужского пола у женщины другого вида.
Также утверждается, что неандертальцы исчезли, не передав свой тип мтДНК современным людям, а гены неандертальцев и денисовцев могли появиться у современных людей только из-за полиморфизма генов общего предка.
Если это так, то интересно, как эти виды людей воспринимали друг друга.
Я рекомендую читать ту статью в Википедии немного внимательнее. Даже в ней указано, что в Y-хромосоме человека нет следов неандертальцев, в отличие от остальной части генома. Т.е. в остальной части генома такие фрагменты присутствуют Что касается фразы "Неандертальцы вымерли, не передав свой тип мтДНК современным людям", то дальше в статье идет уточнение, что этот вывод - по результатам исследования 2009 года. Более поздние исследования показали, что кое-что они все-таки передали.
Почему возникают такие вопросы? Дело в том, что неандертальцы (как и сапиенсы, и денисовцы) в ту эпоху не представляли полностью однородной группы. В то время на земле сосуществовало множество небольших популяций, которые проживали довольно далеко друг от друга, что приводило к накоплению в них различий. И когда эти группы встречались между собой, это иногда приводило к появлению смешанного потомства, но другим группам, которые были далеко, эти новые гены не передавались. И в некоторых случаях это потомство в итоге исчезало, не передав гены дальше. Поскольку наши находки носят фрагментарный характер, мы не всегда обнаруживаем именно тех неандертальцев/денисовцев, которые передали свои гены дальше. Поэтому получается, что с отдельными группами неандертальцев и денисовцев у современного человека, действительно, нет родства, потому что оно - с другими группами.
А так, смешанные браки были, что свидетельствует о том, что как минимум восприятие друг друга как представителей одного рода у сапиенсов, неандертальцев и денисовцев было.
Они же, наверное, дрались друг с другом в первую очередь