От налога на доходы физлиц НДФЛ) при продаже жилой недвижимости эти самые физлица освобождаются в том числе при истечении минимального предельного срока владения этой недвижимостью. Если жильё в собственности единственное, то этот срок – три года: см. пп. 4 п. 3. ст. 217.1 Налогового кодекса РФ.
Срок владения отсчитывается от регистрации права собственности для вторичного жилья или со дня полной оплаты по ДДУ/переуступке/ЖСК (ипотека это тоже полная оплата) при покупке на стадии строительства. Если у вас он прошёл, то не надо даже декларацию подавать. Но будьте внимательны: ни в каком другом жилье у вас не должно быть в качестве какой угодно маленькой доли («бабушка внукам-внучкам подарила»…) ни одного квадратного метра.
Ипотека? Это не имеет ни малейшего значения: это тоже собственные деньги, просто взятые в долг у банка. Если ипотека ещё не выплачена, то квартира ещё у банка в залоге: немного труднее продавать, но это вопрос решаемый и к НДФЛ не относящийся никак.
Точно так же не имеет значения, получали/получили вы налоговый вычет при покупке квартиры или нет. И подскажу, если вы вдруг не знали: существует ещё и налоговый вычет из суммы переплаты по ипотеке (процентов), максимальная база у которого – 3 млн руб. (это сумма не ипотеки, а переплаты). Правда, он даётся только на один объект недвижимости (одну ипотеку) в жизни, так что если предполагаете что-то покупать в ипотеку в будущем, то сначала оцените возможную выгоду сейчас и возможную будущую её потерю. Воспользоваться таким вычетом, кстати, может и только одна из сестёр-созаёмщиц, а вторая при этом – «отложит на потом» .