Во многом потому, что это был единственный выход из положения. Открытое заявление, что Бога нет приравнивалось к преступлению и каралось. Нужно было искать обходные пути. Одним из таких путей была идея "реформирования" церкви.
Первыми христианскими атеистами были писатели. Например, почитайте "Декамерон". Там через каждое слово автор прославляет бога, но, по сути, новеллы совершенно богохульские.
Возьмите, например, рассказ о еврее, который поехал в Ватикан и перешел в христианство. Мотивация - христиане настолько отвратительны и настолько грешны, что только прямая любовь Бога к ним могла возвести их на такие высоты.
Естественно, это прямое издевательство над самой идеей христианства, а не над каким-то "отдельными недостатками", но хорошо замаскированная.
Христианство доставляло практические неудобства нескольким группам людей. Врачей мучала невозможно вскрывать и исследовать трупы. Значит, нужна была "реформа", которая это позволила бы. Но реформа не отменяет тех аргументов, которые названы против этого в Библии.
Значит, к черту аргументы Библии. Это и есть атеизм.
Как правило, ригоризм доставлял неудобства образованным людям. Они могли позволить себе путешествия, вино, разврат. Им не хотелось поститься, не хотелось по воскресеньям торчать в церкви, но приходилось.
Поэтому первые поиски атеизма были очень сложными.
Тем не менее, уже в 19 веке совершенно очевидным стало то, что проблема не в "отдельных" недостатках церкви, а в самом наличии церкви. Эту мысль уже можно было высказать вслух - и она была высказана.