Давным-давно, когда Вселенная была очень горячая и очень плотная, никаких атомов не было. Вот прям вообще ни одного, честное слово! Не было даже "запчастей", из которых таковые атомы могли бы состоять. А что же было?
Был этакий горячий суп - кварк-глюонная плазма.
Кварки - это такие частицы, которые мы сейчас по отдельности наблюдать не можем. Они, заразы, не хотят в свободном состоянии существовать, хоть ты тресни. Холодно слишком. Поэтому они "прячутся" в протонах и нейтронах.
Глюоны тоже хитрецы. Именно глюоны отвечают за то, чтобы кварки не разбегались и не ходили вокруг поодиночке. Это называется "сильное взаимодействие".
Так вот, в первые моменты существования Вселенной (примерно 10^-11 секунд после Большого взрыва) было очень горячо, и кварки с глюонами радостно летали туда-сюда, не боясь замерзнуть. Вселенная была наполнена горячей смесью глюонов и кварков. Чем-то похожим по свойствам является плазма - смесь ионов атомов и электронов, существующих в одном объеме, но отдельно друг от друга.
По мере остывания Вселенной, глюоны взялись за дело и начали "упаковывать" кварки вместе. Получились протоны и нейтроны. А когда Вселенная остыла еще сильнее, эти протоны, наконец, смогли захватить электроны и сформировать первые атомы. В основном это был водород плюс небольшое количество гелия и совсем крохи лития.
Вот как-то так. А все более тяжелые элементы позднее родились в звездах и сверхновых в результате термоядерного синтеза.