Проще и быстрее всего сменить юридический адрес, подав в регистрирующую ифнс комплект документов на смену юридического адреса: форму Р13001 или Р14001 (если в Уставе не был отражён адрес и менять устав не нужно), договор аренды, гарантийное письмо нового арендодателя и решение участников/учредителей о смене юр. адреса.
Альтернативный вариант, если нет желания менять адрес, а запись о недостоверности адреса была внесена неправомерно (Ваша компания фактически располагается по юр адресу) - это писать жалобу в УФНС на неправомерное внесение в ЕГРЮЛ записи о недостоверности старого адреса.