Здравствуйте!
Если вы лично не предоставляли справку с места обучения, более того, не состоите на воинском учете в военном комиссариате, в отношении вас не могли принять решение о предоставлении отсрочки от призыва в связи с обучением в ВУЗе.
Академический отпуск на период не более 12-ти месяцев сохраняет за гражданином право на отсрочку и продлевает ее до конца обучения (если общий срок обучения не увеличился не более, чем на один год)
Таким образом, если вы встанете на учет в военкомате, вам должны предоставить отсрочку по обучению по программе бакалавриата с учетом сроков академического отпуска.
За нарушение сроков постановки на воинский учет действительно предусмотрена административная ответственность: предупреждение или штраф от 500 до 3000 руб. Основание в вашем случае для этого будут, т.к. на учет вы обязаны были встать в течение двух недель после возращения в РФ.