Здравствуйте.Действительно с такой ситуацией сталкивается много парней.
В этом случае вы должны состоять на воинском учёте по месту вашего фактического пребывания.
Согласно статье 10 Фз 53 « о воинской обязанности и военной службе» отсутсвие регистрации не может послужить основанием для отказа в постановки на воинский учёт.
Граждане обязаны состоять на воинском учёте в военкомате.
Если вам отказывают в постановке на воинский учёт вы можете подать заявление и указать ваш адрес фактического проживания и военкомат обязан будет поставить вас.