Требуется ли мне нотариально заверить соглашение о выделении доли?

Основной документ, который регламентирует распоряжение средствами материнского капитала -это Закон 256-ФЗ " О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" от 29.12.2006 года с изменениями и дополнениями

Выделять доли необходимо только по соглашению , это четко прописано в законе (Ст.10 пункт 4 ФЗ-256 ). Выделение долей через договор дарения не предусмотрено. Обязательной нотариальной формы выделения долей в законе не предусмотрено. 

До 2016 года при использовании маткапитала можно было оформить отказ от доли от любого совершеннолетнего члена семьи, сейчас этот момент оговорен в законе .Невключение совершеннолетних членов семьи в число собственников не означает утрату ими права собственности на данное жилое помещение. По данному вопросу уже есть судебная практика.

"Лицо, получившеесертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение,приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (частисредств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица,его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка ипоследующих детей) с определением размера долей по соглашению."

Без нотариуса можно выделить доли детям из единоличной или общей совместной собственности. Нотариальное удостоверение соглашения является обязательным, когда происходит выделение отдельных долей всем членам семьи ( супругу 1/4, супруге 1/4, двум  детям по 1/4 ) , т.е. соглашение содержит элементы брачного договора между супругами.

У вас получается, что квартира приобретена до брака, не относится к общему имуществу супругов, но долю супруге по маткапиталу вы обязаны выделить, она является держателем сертификата. При выделении вами доли супруге не происходит раздела общей совместной собственности, которое подлежит нотариальному удостоверению. (Ст.38 пункт 2 Семейного кодекса РФ )

Несмотря на то, что часть ипотеки выплачена в браке из общего бюджета семьи плюс средства материнского капитала, как правило второй супруг не может претендовать на долю в добрачном имуществе (если только сумма выплаченной ипотеки в браке достаточно серьезная), поэтому вы можете воспользоваться услугами нотариуса и составить соглашение, которое будет содержать элемент брачного договора. Выделить небольшую долю супруге соразмерно маткапиталу и половине выплаченных в браке платежей по ипотеке, выделить доли детям соразмерно маткапиталу, а оставшуюся большую часть квартиры записать в свою личную собственность.

Так будет надежнее для вас.