Какой смысл в современном SEO по коммерческим запросам, если первые строчки всегда заняты рекламой, агрегаторами и "колдунщиками"?

По высокочастотным запросам действительно будет достаточно проблематично и сложно обойти крупные агрегаторы, но многое зависит от тематики сайта, его оптимизации и количества представленных товаров. 

Если сайт отвечает всем требованиям поисковых систем и отвечает на запрос пользователя, предоставляет удобный интерфейс, вызывает доверие пользователей, позволяет легко и просто купить нужный ему товар и при этом имеет обширный каталог товаров, то данный сайт может бороться за ТОП-10 поисковой выдачи Яндекс и Google и по довольно высокочастотным запросам. Не всегда это будет именно ТОП-3, но и зачастую пользователь ищет нужный ему товар не на одном сайте, и выбирает тот, который будет соответствовать его потребностям, цене и качеству. 

Также для более быстрого попадания в ТОП сайтам со средним и более низким уровнем ассортимента товаров нужно использовать запросы с длинными ключами, т.е среднечастотные и низкочастотные запросы, тем самым будет возможность получаться больше целевого трафика на сайт и релевантных клиентов.

К тому же, никто не отменял комплексное продвижение, и если агрегаторы “мешают”, можно использовать их для продвижения своих товаров, как дополнительный источник дохода. 

SEO - это не мгновенный результат в отличие от рекламы, но SEO это долгосрочная перспектива, а цена клика из органики будет значительно ниже рекламной.