Идеального движка нет, у каждой CMS свои "тараканы". Битрикс "не любит" разного уровня вложенность меню (из-за собственной архитектуры раздел-элемент) и страницу 404 (на профильных форумах жалуются что 404 по умолчанию отдает код 200). Wordpress, без контроля и настройки может создать дубли страниц и поисковик может проиндексировать картинки (они дублируется на пустой странице со своим урл) вместе с техническими страницы. Джумлу ставить имеет смысл только вкупе с поддержкой, иначе после пара обновлений системы в старом ядре дыры образуются. MODx весьма ограничен в разработке магазинов и тоже грешит автоматическим созданием дублей. Opencart по умолчанию в многоуровневых каталогах не дает самому задать ЧПУ. И так далее по любому движку. Описанные проблемы не возникают на каждом сайте с указанной CMS, но могут появится, если программист не знает нюансов движка и его странности, в смысле особенности :) Если разработчик хорошо знает продукт, то он даже если SEO клиенту не нужно, по умолчанию настроит все корректно. Но такие специалисты встречаются, увы, не всегда
Если же отвечать на вопрос, то мой выбор ложится в сторону Wordpress и собственных модулей (лайи версии плагинов зло), так же для сложных проектов, если не использовать фреймворк, советую Битрикс