Google скачивает, но не индексирует большую часть страниц сайта. В GSC написано, "Файлы Sitemap - Отсутствует". Но они там есть. В чем дело?

Что значит "Гугл скачивает"? Куда скачивает? Если в индексе Гугла страницы есть, значит он о них знает. Что касаемо sitemap - да просто прверьте, есть ли он на самом деле. Файл всегда находится по адресу: вашсайт.ру/sitemap.xml